करीब एक दशक तक सिस्टम ने इस पर कोई ध्यान नहीं दिया. अब यूपी सरकार ने कार्रवाई शुरू की. अल्पसंख्यक कल्याण विभाग के चार वरिष्ठ अधिकारी एस.एन. पांडेय, साहित्य निकाश सिंह, लालमन और प्रभात कुमार को मिलीभगत के आरोप में निलंबित कर दिया गया. हुडा के खिलाफ धोखाधड़ी और विदेशी मुद्रा प्रबंधन अधिनियम (FEMA) उल्लंघन के तहत एफआईआर दर्ज की गई है. उनकी विदेश यात्राओं और दस्तावेजों की जांच के लिए एसआईटी गठित की गई है. पुलिस ने ईडी जांच की भी सिफारिश की है. इसके अलावा हुडा पर दो और एफआईआर दर्ज हैं एक आज़मगढ़ में (धोखाधड़ी और जालसाजी) और दूसरी संत कबीर नगर में (ब्रिटिश नागरिकता छुपाने और भारत के खिलाफ युद्ध छेड़ने के आरोप)

हुदा को 1984 में आज़मगढ़ के एक मदरसे में सहायक शिक्षक नियुक्त किया गया था. 2007 तक वे पढ़ाते रहे, उसी वर्ष वे चुपचाप ब्रिटेन चले गए. वर्ष 2013 में उन्होंने ब्रिटिश नागरिकता प्राप्त कर ली. 25 मार्च 2025 की एटीएस रिपोर्ट के अनुसार, हुडा अक्सर पाकिस्तानी शहरों में यात्रा करते थे और लाहौर, कराची और रावलपिंडी के कई मौलवियों और संगठनों से संपर्क बनाए रखते थे. वह जम्मू-कश्मीर में अलगाववादी झुकाव वाले व्यक्तियों से भी जुड़े रहते थे. जांचकर्ताओं का कहना है कि 2017 में यूपी यात्रा के बाद हुडा ने पूर्वी यूपी के कुछ हिस्सों में वैचारिक प्रभाव बढ़ाने की कोशिश की. उन्होंने धार्मिक संस्थानों को फंडिंग एवं प्रबंधन के माध्यम से नियंत्रित करने का प्रयास किया.